Wenn man aus dem dritten Ausgang der Kiyomizu-gojo Station der Keihan Linie raus geht, findet man westlich den Kamogawa Fluss. Geht man über die Gojo-Ohashi Brücke nach Westen, erreicht man die Kawaramachi-gojo Kreuzung. Dort biegt man rechts ab und geht ungefähr 400 Meter entlang der Kawaramachi-dori Straße, dort stoßt man auf die Matsubara-dori Straße. Westlich von dieser Kreuzung, drei Straßen weiter befindet sich der Myooinfudo-ji Tempel.
Dieser Tempel wurde im Jahr 691 vom Priester Dokan Daitoku gegründet, der zu der Hosso-shu Sekte in Nara (dem alten Buddhismus) gehörte. Aber nachdem Kukai eine Statue des Fudo-myoos aus Stein selber gemeißelt hatte und sie in diesem Tempel aufstellte, bekehrte sich der Tempel zum Shingon Glauben (dem esoterischen Buddhismus).
Als die Hauptstadt im Jahr 794 nach Kyoto verlegt wurde, legte der 50te Kaiser Kammu Tenno in alle vier Himmelsrichtungen heilige Steine, unter denen Sutras vergraben wurden, um die Stadt vor bösen Geistern zu schützen. Der Stein, der die südliche Richtung schützte, wurde in den Myooinfudo-ji Tempel gelegt. Also fing man an, ihn „Minami Iwakura“ (Süd Steinsitz) zu nennen.
Damals gab es den rigiden Standortfaktor für die Hauptstadt Japans : „Shijinsoo“, nämlich dass die Hauptstadt auf allen vier Seiten von vier Göttern bewohnt sein muss. Im Norden muss sie von Genbu (Schildkröte) bewohnt sein. Im Süden, von Suzaku (Vogel). Im Osten, von Seiryu (Drache). Im Westen, von Byakko (Tiger). Für Genbu, muss es einen Berg geben. Für Suzaku, einen Teich. Für Seiryu, einen Fluss. Für Byakko, einen breiten Weg.
Der Ort Kyoto war, im Norden mit dem Funaoka-yama Berg, im Süden mit dem Ogura-ike Teich (heute nicht mehr), im Osten mit dem Kamo-gawa Fluss und im Westen mit der San-in-do Straße, als Hauptstadt perfekt geeignet. Um die Verteidigung der Hauptstadt gegen böse Geister zu vollenden, legte der Kaiser wie gesagt in den Tempeln heilige Steine. Zusätzlich bestimmte er vier Daishogun-jinja Schreins (auch Schutzsgötter der vier Richtungen) einen in jede Richtung, und baute den Sekisanzen-in und den Enryaku-ji Tempel in der Richtung Kimon (Teufelstor) (nordwestlichen) Richtung. An beiden Seiten des Rajo-mons (Haupteingangs der Hauptstadt) baute man den To(Ost)-ji und den Sai(West)-ji Tempel.
Im Jahr 975, wurde der Myooinfudo-ji Tempel von der Überschwemmung des Kamogawa Flusses weggeschwemmt. Obwohl er von einem Priester des Enryaku-ji Tempels provisorisch wieder aufgebaut wurde, wurde er durch den Onin-no-ran Bürgerkrieg wieder verwüstet, der im Jahr 1467 ausgebrochen war. Im Jahr 1586, nachdem Toyotomi Hideyoshi das Land vereinigt hatte, ließ er seine Residenz in Kyoto (Jurakudai) bauen. Dann fand er den moosbedeckten Fudo-myoo, der verlassen und der Natur ausgesetzt war. Sofort ließ er die Steinstatue in seine neue Wohnung bringen, um sie als Zierstein in seinem Garten zu benutzen.
Nach einiger Zeit, fing der Fudo-myoo an, jede Nacht ein sonderbares Licht auszustrahlen. Toyotomi Hideyoshi, der vor dem unheimlichen Phänomen des Gottes Angst hatte, stellte ihn wieder an seinem Ort zurück und baute dort einen kleinen Tempel. Auf diese Weise entstand der jetzige Tempel Myooinfudo-ji.
